La Maison d’Aïna (LMA), est une association caritative à but non lucratif. Elle se divise en deux entités alignées sur les mêmes principes, les mêmes textes et la même organisation : La Maison d’Aïna-France, dont le siège est à Aix-en-Provence et qui est régie par la loi du 1er juillet 1901, et La Maison d’Aïna-Madagascar dont le siège est à Antananarivo. Chaque entité a un Conseil d’administration qui lui est propre mais les deux CA collaborent étroitement.
La présidente de La Maison d’Aïna-France est Nahida Coussonnet-Cé et la présidente du côté malgache est Hanta Ramakavelo, la fondatrice de l’association.

Une Charte commune définit le fonctionnement des deux Conseils d’administration français et malgache afin de resserrer les liens des deux entités et de clarifier les champs d’action de chacun. Toutes les actions et tous les projets initiés à Madagascar sont lancés d’un commun accord par les deux Conseils d’administration. En France, la comptabilité est assurée par la trésorière et visée par un cabinet d’expertise-comptable, et à Madagascar c’est un cabinet comptable malgache qui assure la totalité des comptes de l’association, l’établissement des fiches de paie ainsi que les déclarations sociales et fiscales.